Cây sống ngoài thiên nhiên lâu năm thường bị tổn thương do mưa, gió, bệnh tật. Những dấu vết thường thấy là các vết sẹo trên thân khiến nó trở thành nét đặc thù về vẻ đẹp của cây. Trong Bon sai, tạo sẹo là kỹ thuật tạo sự già lão như vẻ lâu năm. Những vị trí tạo sẹo là chỗ tiếp giáp giữa thân và cành, chỗ trống trải như đoạn phình của bụng cây. Ta dùng phấn, than vẽ phác thảo dáng sẹo cần tạo. Hình dáng sẹo rất nhiều kiểu, nhưng đa số làm theo hình elip, hình tròn ôm theo đường lượn của thân cây. Kỹ thuật này thường sử dụng cho dân lâu năm trong nghề có kinh nghiệm bởi không khéo sẽ làm cho vết sẹo thô vụng, người xem sẽ rất khó chịu và tác phẩm mất giá trị. Dụng cụ tạo sẹo thường là các loại đục nhỏ có hình máng, có rãnh, lúc tạo sẹo cần thao tác vết lõm sâu dần vào tâm. Có một số cây không cần tạo sẹo khi thân nó đã già lão và có những loại cây thân quá cứng, quá mềm, thớ gỗ dài dễ bị nguồn bệnh thâm nhập hoặc cả những cây còn non thân chưa đủ lớn…