Sau khi thu hoa được 40-45 ngày, khi thấy lá bắt đầu khô heo là lúc đào củ thích hợp nhất. Dùng cuốc đào xung quanh rồi nhổ củ từ từ, tránh làm đứt củ con. Sau khi nhổ lên dùng kéo cắt sát gốc cách cuống củ 0,5-1cm, không được dùng tay vặn củ làm xây sát củ, nhặt củ lớn, củ nhỏ riêng.


Xử lý củ: có thể bằng hai cách phơi khô: Hong khô ngoài trời bằng cách trải củ trên chiếu, cót,…thường xuyên đảo trộn cho đều. Hoặc hong khô trong nhà bằng cách trải trên lưới sắt, lưới nilông, mở hết cửa thông gió. Sau khi hong khô nên cắt bỏ rễ bám quanh củ nhằm tăng hiệu quả bảo quản.


Bảo quản củ: có nhiều cách, có thể bảo quản bình thường trong thời gian khoảng 7 tháng, để nơi thoáng gió, khô ráo, nhiệt độ tốt nhất từ 1-50C; bảo quản trên giàn bằng cách dùng hợp kim nhôm làm giàn cách mặt đất 60cm, cứ 30cm thành một tầng và đặt củ lên; bảo quản trên khay bằng gỗ ván dài 70cm, rộng 50cm, cao 10cm, mỗi khay đựng được 15-20kg củ; bảo quản trong túi nilông mỗi bao khoảng 30kg củ rồi đặt lên giá đỡ.


Đối với các vùng nóng thường trồng layơn vào mùa thu đến cuối tháng 3 thu hoạch. Củ layơn trong điều kiện tự nhiên ngủ nghỉ khoảng 6 tháng, vì vậy nếu bảo quản không tốt tỷ lệ hư hao sẽ rất lớn. Vì vậy, khi bảo quản cần phải chọn củ to chắc, không có vết sâu bệnh, bầm dập, khay chứa củ phải để trong kho lạnh, cách mặt đất 30cm. Trong quá trình bảo quản thường xuyên kiểm tra, theo dõi chặt chẽ để phát hiện củ thối và nhặt riêng ra.