- Nhiều nghiên cứu cho thấy, chỉ có khoảng 25 – 45% lượng protein có trong thức ăn được chuyển hóa thành sinh khối của tôm nuôi. Phần còn lại tồn tại trong môi trường nuôi dưới dạng thức ăn thừa hoặc các sản phẩm bài tiết của tôm. Thức ăn viên dùng để nuôi tôm thường có hàm lượng protein nguồn gốc động vật khá cao, từ 35 – 45%. Vì vậy hàm lượng nitơ (N) trong ao nuôi tôm thường cao, đặc biệt gần về cuối vụ, khi khối lượng thức ăn đưa xuống ao mỗi ngày một lớn, chất thải của tôm cũng nhiều hơn.

- Nhờ vào các quá trình tự nhiên, các chất thải hữu cơ sẽ được vi sinh vật phân hủy, tạo ra các muối dinh dưỡng có thể hấp thụ bởi tảo trong ao nuôi, nhờ vậy làm sạch nước dần dần. Loại bỏ chất thải có N theo phương thức này gọi là “quá trình tự dưỡng quang hóa”. Tuy nhiên, thời gian phân hủy của các hợp chất hữu cơ thường kéo dài, nên tạo môi trường thuận lợi cho sự phát triển của các loại vi sinh vật, trong đó có các vi sinh vật có thể gây bệnh cho tôm. Quá trình phân hủy của các hợp chất hữu cơ có N còn tạo ra các chất độc như NH3 hay NO2 có khả năng làm suy yếu sức khỏe hoặc gây chết cho tôm nuôi…

- Vì thế, để đảm bảo chất lượng nước tốt, người nuôi cần phải xử lý triệt để chất thải có trong nước ao. Hiện nay có 2 phương thức xử lý: ngay trong ao hoặc bên ngoài ao nuôi. Xử lý nước bên ngoài ao nuôi chính là công nghệ lọc tuần hoàn. Nước trong ao nuôi được dẫn ra ngoài qua các ao xử lý gồm các công đoạn lắng, lọc cơ học, lọc sinh học rồi được dẫn về ao để tái sử dụng hoặc thải ra ngoài môi trường.

- Tuy nhiên phương thức này khá phức tạp, chi phí cao và đòi hỏi diện tích lớn. Để xử lý nước ngay trong ao nuôi, người ta có thể tạo điều kiện để các loài tảo bám (periplankton) hoặc vi khuẩn dị dưỡng phát triển. Sử dụng tảo bám không tiện lợi vì cần phải tạo giá thể cho chúng bám và khả năng xử lý chất thải phụ thuộc vào khả năng đảm bảo thời gian, cũng như cường độ chiếu sáng. Hướng sử dụng vi khuẩn tự dưỡng để chúng có thể chuyển cơ chất (các chất thải hữu cơ) trực tiếp thành sinh khối vi khuẩn được xem là giải pháp hiệu quả hơn. Đây cũng chính là cơ sở của công nghệ Biofloc.