Năm 2013, sản xuất thủy sản tiếp tục gặp nhiều khó khăn, nhất là giá cá tra thương phẩm duy trì ở mức thấp dưới giá thành từ cuối năm 2012 (giá thành từ 21.364 - 22.749 đồng/kg, người nuôi bị lỗ từ 136 - 249 đồng/kg dẫn đến tình hình chế biến xuất khẩu, sản xuất và tiêu thụ thức ăn cho cá tra cũng gặp nhiều khó khăn, nhiều doanh nghiệp ngừng hoạt động hoặc thu hẹp quy mô sản xuất do thiếu vốn, chi phí sản xuất tăng cao...
Tuy nhiên do việc nuôi cá tra đã có sự sắp xếp lại, nên phần lớn diện tích nuôi cá tra trong tỉnh Đồng Tháp là các vùng nuôi thuộc 41 doanh nghiệp nuôi (chiếm 65,21% diện tích) nên chủ động cung ứng đủ nguyên liệu cho các nhà máy chế biến. Tính đến cuối năm 2013, diện tích nuôi thủy sản là hơn 6.000ha, trong đó cá tra 1.610ha, tôm càng xanh 851ha và gần 3.600ha các loại thủy sản khác. Ước cả năm 2013, diện tích nuôi thủy sản là trên 7.200ha, đạt 93,01% kế hoạch.