Tỉnh Sơn La hiện có 2 lòng hồ thủy điện Hoà Bình và Sơn La, có hệ sinh vật thủy sản rất đa dạng phong phú. Theo kết quả điều tra khu hệ cá hồ thủy điện Hoà Bình có 123 loài cá thuộc 79 giống, 19 họ và khoảng 16 loài động vật đáy, được chia thành 3 dòng cơ bản: cá nhập nội, cá đồng bằng Bắc Bộ và các loài thuỷ sản đặc trưng cho miền núi Tây Bắc.

Qua thực tế tại một số huyện có lòng hồ thủy điện, chúng tôi thấy các ngư dân khai thác ít khi đánh bắt được các loại cá phổ biến trên sông Đà như: cá chày tràng, cá chày đất, cá chiên, cá măng, cá bỗng, những loài cá cỡ nhỏ đặc trưng cho miền núi như cá chát, cá xỉnh, cá đục, chạch chấu... Nhìn chung, thành phần giống loài cá của tỉnh những năm gần đây giảm mạnh; nhiều loài có nguy cơ cạn kiệt về số lượng và đang ở trong tình trạng báo động, nguồn lợi đã giảm sút rõ rệt, chỉ còn 74 loài thuộc 37 giống của 5 bộ trong đó có 5 loài nằm trong sách đỏ Việt Nam, như: chày đất, cá bám đá liền, cá lăng chấm, cá chiên sông, cá ngạnh... Bên cạnh đó, việc tổ chức quản lý, khai thác và phát triển nguồn lợi thủy sản chưa được coi trọng. Các bãi cá đẻ tự nhiên của một số loài cá không được bảo vệ, không được thả bổ sung, khai thác thủy sản trong hồ chưa được quản lý bảo vệ, do đó nguồn lợi thủy sản trong hồ ngày càng suy giảm cả về sản lượng và giống loài. Một số loài quý hiếm có giá trị kinh tế cao như cá lăng, anh vũ, dầm xanh, chiên... đang có nguy cơ cạn kiệt.

Một nguyên nhân nữa ảnh hưởng đến số lượng, chất lượng nguồn lợi thủy sản, đó là do tác động của con người như: nạn phá rừng, xây dựng các công trình kinh tế làm biến đổi môi trường sinh thái, dòng chảy, độ sâu của mực nước và sự bồi lấp làm mất các bãi đẻ tự nhiên của một số loài cá. Đặc biệt, do điều kiện KT-XH vùng lòng hồ còn nhiều khó khăn, số hộ di chuyển nội xã thiếu đất canh tác, thiếu việc làm, ý thức bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản của đồng bào còn hạn chế dẫn đến khai thác đánh bắt tuỳ tiện, khai thác bằng các công cụ hủy diệt như dùng chất nổ, xung điện, hoá chất, vó đèn... làm cho nguồn lợi thủy sản ngày càng suy giảm.

Ông Nguyễn Hồng Đức, Phó phòng Quản lý & khai thác (Chi cục Thủy sản tỉnh) cho biết: Phương tiện phục vụ khai thác thủy sản chủ yếu tập trung ở khu vực hồ thủy điện Hoà Bình, Sơn La, bao gồm: các loại thuyền sắt, thuyền gỗ trọng tải từ 2 - 5 tấn gắn máy. Toàn tỉnh có khoảng 520 tàu thuyền máy với công suất lớn, gần 2.340 thuyền thủ công khai thác trên sông hồ của tỉnh và nhiều phương tiện đánh bắt khác, trong đó tập trung chủ yếu ở 44 xã ven hồ thủy điện Hòa Bình và thủy điện Sơn La thuộc 8 huyện trong tỉnh. Nguồn lợi tự nhiên trong các thủy vực giảm nhiều nên việc đầu tư phương tiện phục vụ khai thác thủy sản không lớn và có xu hướng giảm.

Để nâng cao chất lượng quản lý và bảo vệ nguồn lợi thủy sản, cần đẩy mạnh công tác tuyên truyền thực hiện chính sách của Đảng, pháp luật của Nhà nước, của ngành về công tác bảo vệ nguồn lợi thủy sản; tăng cường công tác kiểm tra việc khai thác trên hồ chứa; hướng dẫn tập huấn cho ngư dân về các quy định của Nhà nước, cần có quy hoạch hài hòa giữa phát triển công nghiệp, nông nghiệp với bảo vệ nguồn lợi thủy sản, hình thành các khu vực bảo tồn đa dạng sinh học thủy sản. Bên cạnh đó, các ngành chức năng cần nghiên cứu thả bổ sung các loài cá quý hiếm, đặc hữu của địa phương nhằm bảo tồn, lưu giữ các loài cá và xây dựng chính sách đặc thù cho phát triển nghề cá ở các hồ chứa thủy điện.