Muốn điều trị bệnh có hiệu qủa thì việc đầu tiên là phải chẩn đoán đúng bệnh. Việc kết luận bệnh nên dựa trên kết qủa chẩn đoán tổng hợp của các phương pháp chủ yếu sau:

a. Chẩn đoán bệnh bằng phương pháp cảm quan.

- Mỗi bệnh biểu hiện một số nét đặc trưng khác nhau và bằng phương pháp cảm quan ta có thể nhận biết bệnh một cách tương đối chính xác.

- Với bệnh thối ấu trùng Châu Âu: nhìn trong lỗ tổ thấy các ấu trùng bị chết, ấu trùng chuyển từ màu trắng sang màu trắng đục. Khi nhấc cầu ong lên thấy ong xào xạc và chạy tụt xuống phía dưới của đáy tổ; ong thợ có màu đen bóng do ấu trùng bị chết nên không có lớp ong non kế tiếp, trên mặt lỗ tổ có lỗ thủng nhỏ và lõm xuống.

- Với bệnh ấu trùng túi (bệnh nhọn đầu): thấy lỗ tổ vít nắp hơi lõm xuống, một số cắn nham nhở, có nhiều ấu trùng nhọn đầu nhô lên miệng lỗ tổ.

- Với bệnh ỉa chảy lây lan: nhìn thấy phân màu nâu sẫm trên lá cây hay quần áo phơi xung quanh các điểm đặt ong: ong non yếu ớt, bụng của ong trưởng thành trướng lên, ong sã cánh bò ra trước cửa sổ.

b. Chẩn đoán thông qua việc nhận biết mùi đặc trưng của bệnh.

Mỗi bệnh có một mùi đặc trưng, thông qua đó người nuôi ong có thể nhận biết được bệnh đang xảy ra trên đàn ong là bệnh gì. Chẳng hạn:
- Bệnh thối ấu trùng Châu Mỹ: có mùi khét đặc trưng của keo da trâu.

- Bệnh thối ấu trùng Châu Âu: có mùi chua.

- Bệnh thối ấu trùng túi: không có mùi…

c. Chẩn đoán trong phòng thí nghiệm:

- Muốn chẩn đoán được bệnh chính xác, tốt nhất nên gửi bệnh phẩm về các có quan khoa học, các phòng phân tích để kiểm tra.

- Trong qúa trình chẩn đoán, phải được tiến hành đồng bộ để có kết luận đúng: đâu là bệnh chính, đâu là bệnh kế phát để có biện pháp điều trị có hiệu qủa.