Kỳ đà là động vật hoang dã nên sức đề kháng cao, ít dịch bệnh. Tuy nhiên, kỳ đà cũng thường bị một số bệnh như:
- Chấn thương cơ học: Chấn thương nhỏ thì bôi thuốc sát trùng, chấn thương lớn phải khâu. Da kỳ đà có khả năng tái sinh nhanh nên chóng lành.
- Viêm cơ dưới da: Dưới lớp da nổi những mụn nước nhỏ bằng hạt ngô, hạt đậu, kỳ đà biếng ăn, không ăn rồi chết. Dùng thuốc tím rửa chỗ sưng tấy và chích kháng sinh tổng hợp…

- Táo bón: Dùng thuốc tẩy dạng dầu bơm vào lỗ huyệt, có khi phải dùng ngón tay móc phân cục ra. Cho ăn thức ăn nhuận tràng…

- Tiêu chảy: Thường do khẩu phần thức ăn ta cung cấp không đảm bảo vệ sinh và giá trị dinh dưỡng nên kỳ đà có thể bị tiêu chảy. Ta có thể dùng thuốc điều trị tiêu chảy hoặc bổ sung thêm thức ăn, nước uống đắng… Để phòng bệnh tiêu chảy, không nên sử dụng các loại thức ăn bị ôi thiu, ẩm mốc…

- Ký sinh trùng đường ruột: Kỳ đà còi cọc, chậm lớn, trong phân có ấu trùng giun, sán. Cần thiết phải xổ sán lãi cho kỳ đà.

- Ký sinh trùng ngoài da: Ve (bét) bám trên da hút máu và truyền bệnh cho kỳ đà. Dùng thuốc sát trùng chuồng trại sạch sẽ…
Phòng bệnh tổng hợp là biện pháp phòng bệnh tốt nhất: Chăm sóc nuôi dưỡng tốt, ăn uống sạch sẽ, thức ăn đảm bảo vệ sinh và giá trị dinh dưỡng, chuồng trại luôn sạch sẽ, không lầy lội, không nóng quá, lạnh quá…