Tùy theo mục đích mà có những phương pháp thu hoạch khác nhau. Ở đây, chúng tôi tạm đề nghị 02 phương pháp thu hoạch sau:
- Phương pháp thu hoạch tươi bằng cách dẫn dụ: Nhằm thu được nguồn giống mà không làm cho chúng bị sốc và thu phân Trùn. Trước khi thu hoạch khoảng một tuần, cho một tấn lưới vào khoảng giống mới đã dọn ở giữa luống (hoặc trên bề mặt luống) có chứa thức ăn mới đã được bổ sung nước ở mức bão hòa, không tưới trên phần phân chũ ở hai bên. Thức ăn tươi và ẩm độ sẽ hấp dẫn Trùn và chúng sẽ tập trung cao độ ở đây. Để thu được trên 90% con giống, nên thực hiện động tác này 2 lần.

- Phương pháp thu hoạch khô: thu hoạch Trùn thịt làm thức ăn gia súc và thu tưới giữ ẩm, nên xới xáo nhiều lần giúp bốc thoát hơi nước. Khi nhận thấy hạt phân tương đối rờI rạc, dùng cào gom phân vào giữa, con trùn có khuynh hướng chui xuống, cuộn tròn dưới lớp đáy của luống. Hốt lớp phân bên trên và tiếp tục gom phân lại. Thực hiện thao tác này sẽ tách riêng được phân và trùn.